Lovitura de grație a regimului comunist la adresa Bisericii greco-catolice din România avea să vină în noaptea de 28 octombrie 1948, prin arestarea capilor acestei instituții.

Spre deosebire de Biserica Ortodoxă Română, Biserica Unită cu Roma nu accepta nici un fel de ingerințe ale guvernului comunist în treburile sale interne, fiind subordonată exclusiv Vaticanului. Însă noul regim comunist considera Vaticanul drept un adversar, ca unul dintre pilonii puterilor occidentale. Dacă BOR fusese deja acaparată, prin asasinarea discretă a Patriarhului Nicodim și Mitropolitului Moldovei Irineu Mihălcescu, respectiv prin înscăunarea ca Patriarh a lui Justinian Marina, apropiat prieten al lui Gheorghe Gheorghiu Dej, precum și a altor mitropoliți obedienți regimului, BRU rămânea o zonă necontrolată, în sânul căreia rezistența la comunism era categorică. De aceea, Stalin avea să ordone comuniștilor de la București desființarea acestei biserici, așa cum sovieticii făcuseră deja cu greco-catolicii din Ucraina.

La 3 septembrie 1948 apărea în Monitorul Oficial decretul prin care episcopul Ioan Suciu, considerat vârful rezistenței anticomuniste din Biserica Unită cu Roma, era depus din funcție de Guvernul Petru Groza. La 18 septembrie 1948 același lucru avea să se întâmple și cu ceilalți episcopi uniți, cu excepția lui Vasile Aftenie, episcopul-vicar pentru București, și a lui Iuliu Hossu, episcop de Cluj, considerați mai concesivi.

Autoritățile comuniste au organizat la 1 octombrie 1948 o adunare a clerului greco-catolic, lansând zvonul că întrunirea va fi prezidată la Cluj de însuși episcopul Iuliu Hossu. În realitate, acesta a reușit cu greu să trimită o scrisoare-circulară prin care excomunica pe cei care aveau să participe la adunarea de trecere la Biserica Ortodoxă Română. Întrunirea desfășurată în sala de sport a Liceului Barițiu, s-a bucurat doar de participarea unui singur protopop unit și a 37 preoți de mir, doi dintre ei refuzând semnarea proclamației de trecere la BOR. Cei 36 au fost primiți de mitropolitul ortodox Nicolae Colan, iar apoi la București de Justinian Marina.

La 27 octombrie 1948, ministrul de interne comunist Teohari Georgescu (născut Burah Tescovici) ordona arestarea episcopilor greco-catolici, catalogați de el drept „bandiți”.

În noaptea de 28-29 octombrie 1948 aveau să fie arestați toți cei șase episcopi greco-catolici din România. Inițial, aceștia aveau să fie deținuți la o vilă patriarhală din Dragoslavele-Muscel, unde au fost vizitați de patriarhul Justinian, iar apoi la Mănăstirea Căldărușani. Ulterior, aveau să fie închiși separat în celulele din beciurile Ministerului de Interne și la închisoarea Văcărești.

La 8 noiembrie 1948 era demis printr-un decret și episcopul Iuliu Hossu, rămas formal în funcție, deși era deja arestat, iar la 1 decembrie 1948, prezidiul Marii Adunări Naționale decreta încetarea cultului greco-catolic și exproprierea tuturor bunurilor acestuia. Din acest moment, preoții care refuzaseră intrarea în BOR și continuau să slujească, aveau să fie urmăriți, arestați și condamnați la ani grei de detenție, unde o mare parte au fost exterminați. Unii dintre ei au reușit să se ascundă ani de zile în munți, unde au fraternizat cu partizanii anticomuniști, cărora le acordau asistență spirituală.

Din nefericire, regimul comunist a folosit BOR ca o acoperire în acțiunea de distrugere a BRU, iar ierarhii ortodocși au acceptat acest joc. La toate solicitările de relegalizare a BRU, comuniștii au invocat punctul de vedere al BOR, conform căreia BRU încetase să existe.

Toți episcopii uniți aveau să moară ca urmare a condițiilor exterminatoare de detenție, cu excepția lui Iuliu Hossu, care a supraviețuit grațierii generale a deținuților politici și s-a stins în 1970, având un permanent domiciliu forțat.